L’origine du mot « yakuza » apparaît sous le shogunat des Tokugawa (1603 - 1867). Il est tiré d'une combinaison du jeu de cartes japonais appelé Oicho-Kabu, proche du Baccara, qui est traditionnellement joué avec des cartes de kabufuda ou de hanafuda. À la fin d'une partie, les valeurs des cartes sont additionnées et l'unité de la somme représente le score du joueur. Le but du jeu est de s'approcher le plus de 9.
« Ya » vient de yattsu, qui signifie huit (peut également se dire hachi), « ku » veut dire neuf (le mot kyu est aussi utilisé), et « za » est sans doute une déformation de « san » qui veut dire trois. Ya-ku-za est donc la somme de 8, 9 et 3, soit 20 et donc un score de 0, qui est une main perdante. Ce nom signifie donc « perdant », « bon à rien ». Les yakuza sont à l'origine issus des plus pauvres, des exclus de la société.
Une autre origine est parfois évoquée : Les policiers devaient entrer dans des temples pour y débusquer des joueurs, mais non sans hésitation, car les sanctuaires Shinto sont sacrés. Sur une chaise, à l’entrée, un guetteur guettait. Le « rôle » (yaku) de la chaise (za) était donc d'être un rempart entre police et joueurs.
Dans la terminologie légale japonaise, les organisations de yakuza sont appelées Bōryokudan, littéralement « groupe violent ». Les yakuza considèrent ce terme comme une insulte, car il s'applique à n'importe quel criminel violent. Dans la presse occidentale, on les identifie parfois à la « mafia japonaise », par analogie avec d'autres groupes du crime organisé, comme la mafia sicilienne.

Il est à peu près certain que les yakuza sont apparus pendant l'ère Edo (Période Tokugawa) au Japon. Cependant, les évènements ayant mené à leur création sont encore peu clairs. Il y a deux pistes principales, une privilégiée par les historiens, l'autre par les yakuza eux même.
La première étant que les yakuza sont des groupes formés à partir de deux corporations distinctes : celles des joueurs, les bakuto, et celle des marchands ambulants, les tekiya. Lorsqu'un groupe se forme, issu de ces deux classes, il s'installe sur un territoire qu'il dirige dès lors d'une main de maître. Ces groupes pouvaient être très nombreux, comme celui de Shimizu No Jirocho qui comportait plus de cinq cents hommes armés. On peut remarquer qu'encore aujourd'hui, les yakuza font vivre les traditions des bakuto comme l'irezumi, le désormais très célèbre tatouage nippon, ou encore le yubitsume, amputation rituelle du petit doigt en expiation d'une faute. Ces ressemblances appuient évidemment cette thèse.
Les yakuza préfèrent eux dire qu'ils viennent d'initiatives citoyennes pour protéger villes et villages d'un phénomène provoqué par la soudaine paix instaurée par le Shogun Tokugawa. Le Japon n'étant plus un territoire perpétuellement en guerre, de nombreux samouraï sont tout simplement éconduits par leur seigneur. Ces hommes ne savant rien faire d'autre que la guerre vivent désormais de banditisme en faisant régner la terreur. Ces groupes, nommés Kabuki-mono provoquent l'apparition des Machi-yako, groupes armés de paysans et autres personnes du bas de l'échelle contrairement à ces anciens samouraïs, se présentant comme les défenseurs des opprimés. Dans les faits, ils étaient tout autant des pilleurs.
C'est cependant uniquement au cours du XVIIIème siècle que le mot yakuza apparait réellement, avec la formation de bandes organisées dans les plus grandes villes du Japon. En milieu citadin, les yakuza recrutent toujours dans les bas fonds de la société, et en particulier ceux que l'on nomment hinin (gens du spectacle, gardiens de prison, bourreau) et les eta (tous les métiers en rapport avec l’abatage d'animaux) en raison des discriminations à leur égard : le shintoïsme comme le bouddhisme les considèrent comme souillés en raison de ces métiers ayant trait à la mort.

Durant l'ère Meiji, les yakuzas se montreront incroyablement conservateurs, en dépit même qu'ils étaient les défavorisés, les moins que rien, de l'époque précédente. Ils se rapprocheront énormément de la droite ultra nationaliste, et iront même jusqu'à organiser l'assassinat de personnes politiques clefs pour l'ouverture au monde.
En échange, la droite nationaliste au pouvoir les laisserons mener les affaires. A cette époque notamment, la prostitution était légale, et organisée par les yakuza. Les yakuza apportent aussi leur aide en tant que "briseurs de grèves".
En 1910, grâce à leur réseau étendu, ils organisent un attentat contre la Corée, tuant leur reine pro-russe, et permettant au pouvoir militaire nippon de justifier l'invasion de ces terres. Par la suite, ils organiseront tous les trafics de cette région.
Pendant la Seconde Guerre Mondiale, l'Etat Major nippon leur laisse tous les échanges "commerciaux" dans le territoire occupé par le Japon. Les clans yakuza deviennent alors immensément riches.

Après la rédition du Japon, les yakuza ont montré qu'ils n'étaient pas à un paradoxe près. C'est désormais avec les forces d'occupation américaines qu'ils traiteront en grande partie. Le Japon sort en effet très affaiblit de la guerre, tandis que les yakuza sont à leur apogée. Ils ont même réussis à s'attribuer de larges terres dans le chaos, profitant de la destruction de nombreux cadastres. Malgré que la prostitution devienne illégale, les yakuza continuent cette activité, notamment pour les soldats américains. Ils extorquent aussi de l'argent aux entreprises naissantes, aux bars, aux artisans. Ils pratiquent le chantage, et le trafic d'armes. Et naturellement, ils ont la main mise sur les jeux de hasard. Ils ajoutent une nouvelle corde à leur arc, avec le trafic de drogues.
Cependant, ils sont perçu alors comme les seuls pouvant maintenir l'ordre, et les autorités nippones comme américaines ferment les yeux. Ils continuent à empêcher les émeutes, les grèves, et constituent un rempart bienvenue contre le communisme chez les américains. Ainsi, les yakuza vont continuer de s'étendre. On estime leur nombre dans les années 80 à plus de 180 000 personnes. Cependant, de plus en plus de leurs activités deviennent illicites.
Un arrangement s'établit entre la police et les yakuza. Si un membre commet un acte illégal, il se rend au commissariat pour se dénoncer, et un arrangement entre la justice et le clan est trouvé. Ce système a cependant des limites. Aucun maquereau ne se dénoncera, de même que les trafiquants. Ceci concernait uniquement les agressions particulièrement violentes, et à l'occasion, des meurtres. Autrement, la police évite d'une manière générale d'enquêter sur les yakuza.

Les choses changeront au cours des années 90. Les yakuza, en plus d'avoir perdu leur utilité pour les autorités au cours des vingt dernières années, dérangent désormais. Ils dérangent les américains, qui n'en veulent pas sur leur territoire, malgré qu'ils ne se gênent pas pour s'installer. Ils gênent aussi les autorités, depuis les affaires de règlements de comptes et les guerres entre les clans, qui ont fait de nombreuses victimes civiles. Pour la première fois, une loi "antigang" est votée.
Cependant, cette loi ne dissout pas les yakuza. Elle les oblige simplement à devenir des associations ou des entreprises, et à rendre compte de leurs activités. La loi parvient tout de même à les contrôler. Étant donnée la puissance des quatre grands clans yakuza au moment de cette loi, celle ci était absolument parfaite, il faut bien le comprendre. Elle a permit de couper l'herbe sous le pied à ces clans, tout en leur permettant d'être. Une suppression pure et dure aurait certainement mener à des émeutes très meurtrières.
La loi remplit ses objectifs de ce point de vue là. Les activités illicites des clans sont désormais l'objet d'enquêtes des policiers. Le nombre des yakuza a considérablement diminué, et les autorités, grâce au nouveau statut des clans, disposent de listes de noms.

Aujourd'hui au Japon, les clans yakuza ont encore pignons sur rue. Leur emblème s'affiche sans complexe sur les façades de leurs "entreprises" ce qui en fait la seule organisation criminelle au monde à s'afficher publiquement.
La richesse des clans se base sur des activités illicites (chantage, racket, prostitution, trafics de drogues et d'armes) mais aussi sur toutes sortes d'activités licites, qui représentent la façade des clans, et leur permettent de blanchir l'argent.
La police est incapable de dissoudre les clans, mais elle peut s'attaquer aux activités illicites. Cependant, elle n'a jamais accès aux clans possédant le véritable pouvoir, toujours qu'à des clans mineurs, sous les ordres de clans majeurs, eux même sous contrôle du clan principal.

Les yakuza sont en effet très hiérarchisés. Dans un clan en lui même, déjà, et entre les clans, qui sont regroupés en quatre familles.

A la tête d'un clan, on trouve toujours le chef de famille, l'oyabun. Il est véritablement le parent. Il s'engage à protéger chaque membre de son clan. Il est secondé par le premier lieutenant. Le premier lieutenant est véritablement l'homme de confiance de l'oyabun. Le premier lieutenant choisit aussi le second lieutenant parmi ses "petits frères". A eux deux, ils font tampons entre le chef de famille et les "frères". Parmi ces frères, il y a les grands, les Kyodai, qui gèrent tous un ou plusieurs petits frères, les Shatei. Un Shatei peut à son tour devenir grand frère, et avoir des petits frères, mais il reste toujours loyal à son propre grand frère. Au sein d'un clan, hormis les deux lieutenants, les frères possédant le plus d'autorité sont souvent les petits frères du premier lieutenant. Il ne faut pas croire que les yakuza ne font pas la course au pouvoir, et n'intriguent pas entre eux pour parvenir aux places les plus convoitées. La rivalité peut être dure, mais il est (normalement) interdit de tuer un frère.

Parallèlement à ceci, se trouve toute l'administration. Seul le chef de famille et le premier lieutenant y ont autorité. Si officiellement, ces personnes sont comptées comme des yakuza, ils sont très différents des frères. Il s'agit des conseillers du chef de famille, qui gèrent l'entreprise de manière administrative, regroupant les profits, investissant, et autres matières concernant l'argent. Sous les ordres de ce véritable conseil d'administration, on trouve les comptables et le conseiller juridique. Ces personnes sont très importantes. Aucun frère ne connait véritablement l'ensemble des activités du clan. Il connait principalement les siennes, et éventuellement celles d'amis proches. Mais les comptables ont tous les profits de toutes les activités pour eux. De même que le conseiller juridique sait toujours quels frères peuvent avoir des ennuis avec la justice.

Les clans sont étroitement entremêlés entre eux. Ainsi, on distingue quatre familles seulement quand on remonte avec attention chaque arbre de chaque clan, puisque tous doivent être signaler comme association ou entreprise. Ces associations/entreprises se disent en générale filiale de l'association/entreprise mère.
Il faut comprendre que chaque frère peut devenir Oyabun d'un nouveau clan. Ils le font toujours avec l'accord de leur propre Oyabun, et reste un membre de leur premier clan. Mais ils développeront leur propre clan afin de développer les activités de la maison mère soit ailleurs, soit avec des activités inédites. Il s'agit généralement de frères influents qui n'ont cependant obtenu la position de premier-lieutenant ou second-lieutenant. Si cette décision permet de les éloigner temporairement du pouvoir, elle leur permet aussi d'attendre leur heure et de monter des plans pour encore s'élever. La plupart du temps, ils n'hésitent pas un instant s'ils peuvent devenir lieutenant, même s'ils doivent alors abandonner leur clan (qu'ils confient à leur premier-lieutenant, souvent un petit frère, afin de s'assurer de la loyauté de ce clan).
D'une manière générale, la politique au sein des clans et d'une famille est un véritable casse tête.

Hidekuni Moshitshune est né à Kyoto le 13 mai 1978. Son père était boucher, sa mère est morte en couche, il n'eut donc aucun frère, aucune sœur. Son père ne se remaria jamais. Il fut élevé en grande partie par une amie de son père, Irisu Yamazaki. Elle même était veuve, et avait un fils, de cinq ans l'ainé d'Hidekuni, Ginta Yamazaki. Les Moshitsune comme les Yamazaki étaient deux familles de yakuza. Le père de Ginta est mort lors d'une affaire de trafic d'armes. Il était un proche voisin des Moshitsune, et c'est pourquoi il y a eu cet arrangement solidaire. Ainsi, Hidekuni et Ginta se sont toujours considérés comme des frères.

Ginta finira à peine le collège avant de rentrer chez les yakuza comme son père. Celui ci ayant été le premier lieutenant du chef du clan gérant tous les jeux de la ville, il fut très bien accueilli par Kenichi Hasegawa, l'oyabun à qui son père avait sauvé la vie. Il bénéficia d'une initiation particulièrement courte, seulement deux mois, pendant lesquels il démontra de véritables talents de leader. Il fut directement nommé à la tête d'une petite association de parieurs. Il obtint d'excellents résultats, surpassant toutes les autres associations de ce genre, et devint finalement le leader de toutes celles ci, à seulement vingt ans.

Hidekuni entra à son tour, à l'âge de seize ans, après six mois d'initiation, sous la houlette évidemment de Ginta, chez les yakuza. Il arrêta rapidement les combats à la déception de ses nombreux fans, pour devenir le garde du corps de Ginta, et s'éleva ainsi avec lui. Hidekuni en profita pour aussi apprendre à se servir de sa tête tout autant que de ses muscles.

En 2007 est créé l'entreprise "Paris Sports & Jeux" qui s'avère être une succursale du clan yakuza d'Hidekuni et Ginta. C'est justement ce dernier qui en devient le patron. Choses apparemment des plus légitimes puisqu'il était déjà celui dirigeant tout ce qui avait attrait aux paris, légaux comme illégaux, dans le clan principal. Hidekuni devient son premier lieutenant, et celui ci choisit comme second lieutenant Ryōichi Godo, un ancien camarade de lycée qu'il avait lui même fait entrer dans le clan. A la tête du conseil d'Administration est placée Irisu Yamasaki, la mère de Ginta qui dirige dès lors toute la comptabilité d'une main de fer.

Les policiers s'attendaient pourtant à ce que Hidekuni soit le deuxième lieutenant de Ginta, puisqu'il avait toujours travaillé directement sous le tout nouveau premier lieutenant. Ils sont encore plus surpris de voir qu'Irisu reste aussi dans ce clan. Il aurait été plus stratégique de disperser ses hommes de confiance. La brigade anti yakuza suppute alors que les paris constituent la veine principal du clan, ou que Ginta y ait caché d'autres activités.

Fujimi Hasegawa est la fille ainée de feu Kenichi Hasegawa, et soeur ainée de Tatsuya Hasegawa. Elle est née le 15 décembre 1978, trois ans avant son frère. Elle mena de brillantes études, et devint avocate. Cependant, elle n'ouvrit pas de cabinet, et se contenta de devenir la conseillère juridique du clan Hasegawa.

Bien qu'elle soit mariée, elle a choisit de garder son nom de famille, mais officiellement, elle est Fujimi Ishikawa. Kuniichirō Ishikawa est son mari. Il a été le premier lieutenant de son père après la mort du père de Ginta, et était de dix ans son ainé. Mais elle est désormais veuve, avec une fille à charge, nommée Kureha. Cette jeune fille a actuellement douze ans et fréquente le collège privé Horikawa High School.

Un informateur de la police a suggéré que Fujimi Hasegawa avait désormais une liaison avec Ginta. Mais cette relation serait très mal vue dans le clan, car le code d'honneur des yakuza ne permet pas que l'on convoite la femme d'un frère. De plus, des rumeurs courent comme quoi Ginta aurait assassiné Ishikawa.

D'une manière générale, de très nombreuses rumeurs courent sur Ginta Yamasaki, et sa montée au pouvoir présentent des zones d'ombres inquiétantes. La plupart des personnes s'étant interposés entre lui et son objectif, la position de premier lieutenant, est morte.

Cela ne poserait pas tant de problèmes si les affaires des yakuzas étaient restées chez les yakuzas. Cependant, ces deux dernières années, le nombre de règlement de comptes à Kyoto a plus que doubler, et Hidekuni semble toujours être lié de loin ou de près à ces affaires. Cependant, il est bien protégé, et en particulier par Fujimi Hasegawa. Il y a quatre mois, au matin du 23 aout, la police découvrait le corps d'une fillette de sept ans, tuée par les balles perdues d'une fusillade. Il est dès lors devenu absolument indispensable de stopper le clan Hasegawa.

Dès lors, la police a souhaité réunir assez de preuves pour ordonner la dissolution du clan. Pour cela, ils doivent prouver que chaque activité de la maison mère et de ses filiales sont illégales, ou servent à masquer les activités illégales. Comme toujours dans ces enquêtes, la complexité de l'organisation des clans et la profusion de documents financiers suffit à masquer tout. En trois mois d'enquête, les policiers n'ont rien trouver d'assez concret.

Un nouveau règlement de compte meurtrier incita le premier ministre à donner d'avantage de moyens. De plus, la victime étant une jeune étudiante britannique, le MI5 a voulu prendre part à l'opération. Après analyse de la situation, il a été convenu que seul CHERUB parviendrait à atteindre les deux cibles de la mission d'infiltration en toute sécurité.

Les deux agents prendront les identités respectives de Matthew Tengo et Itô Tengo. Itô sera la fille de Sakimoto Tengo (un agent des services secrets nippons), fraîchement remarié à Clara Tengo, leur contrôleuse de mission. Matthew sera le petit frère de Clara, encore sous la tutelle de celle-ci. Les parents de Clara et Matthew seront décédés deux ans plus tôt.

Matthew devra infiltrer les yakuzas. Il suivra un chemin semblable à celui d'Hidekuni. Il ira déjà parier dans les paris légaux, puis dans ces combats clandestins. Il devra s'assurer de perdre, et proposera de rembourser sa dette en combattant. Les meilleurs combattants deviennent tous yakuza, plus encore s'ils sont jeunes. Parmi les yakuza, il devra trouver le meilleur "grand frère" possible afin d'approcher rapidement Hidekuni. Son initiation durera probablement au minimum six mois. Si en deux mois, il n'a pas commencé celle-ci, nous mettrons fin à la mission. Une fois infiltré, il devra déterminer quelles sont les véritables fonctions de ce clan secondaire, la nature exacte des liens entre Hidekuni, Ginta, et Fujimi, et ce qu'ils trament (ensemble ou séparément).

Itô fréquentera le même collège que Kureha Hasegawa, et sera placée dans la même classe. Kureha est la présidente des élèves du collège. C'est une élève populaire, aux résultats brillants, et elle ne s'entoure que de personnes qu'elle juge aussi douée qu'elle. Elle ne supporte pas l'échec, chez elle comme chez ses amis. Elle juge qu'elle représente l'élite, et n'hésite jamais à humilier ceux qu'elle juge comme étant de la vermine. Itô devra adopter un caractère suffisamment proche pour devenir indispensable auprès d'elle et se faire inviter chez les Hasegawa. Elle devra là placer des micros, et déterminer quels liens exacts l'avocate entretient avec Ginta et Hidekuni et ce qu'ils trament (ensemble et séparément). Il reviendra aussi à Itô de mettre la main sur les documents incriminant du clan Hasegawa.